El Paratge Natural comprèn dins del seu perímetre dues reserves naturals parcials. La primera, situada a la capçalera de l’Orlina, amb una superfície de 395 hectàrees, la qual té per finalitat la protecció de les fagedes i rouredes que hi ha entre el coll dels Emigrants i el pic de Sallafort, les més orientals dels vessants sud dels Pirineus. La segona, que es troba entre la vall de Sant Quirze i la capçalera de la riera de la Valleta, amb 580 hectàrees, té com a finalitat la protecció de la fauna herpetològica, concretament de la tortuga mediterrània. El Consejo del Patrimonio Histórico espanyol ha seleccionat la candidatura del Vessant mediterrani dels Pirineus, que inclou el paisatge cultural i natural del massís de L’albera, com a candidat a ser declarat Patrimoni Mundial de la Humanitat per la UNESCO.
S’hi poden trobar una de les concentracions més importants de monuments neolítics de Catalunya, es tracta de monuments històricament situats entre el Neolític i l’edat de Bronze, edificats amb grans blocs de pedra, constitueixen un dels elements més destacats del patrimoni històric català.
Vegetació. En el sector Requessens-Baussitges comprèn les zones més humides i enlairades, amb una cobertura de bosc de gairebé el 100% i amb una vegetació extraordinàriament variada amb suredes, alzinars, castanyedes, rouredes, fagedes i els prats alpins de la zona culminal. L’àrea de Requesens compren la capçalera del riu Anyet amb una esplèndida vegetació de ribera de freixes, salzes i verns. En canvi, a la zona de Baussitges, que inclou l’alta vall del riu Orlina, hi viuen les poblacions de Faig més orientals.
El sector de Sant Quirze de Colera-Balmeta és una zona de característiques mediterrànies, on hi predominen suredes, brolles i matollars.
Fauna. Hi subsisteixen les darreres poblacions de tortuga mediterrània de la península, a més, destaca la gran varietat de les altres espècies d’amfibis i rèptils com granotes, serps, llangardaixos, sargantanes, entre d’altres i per les més de 200 espècies d’ocells. La seva diversitat dels mamífers és notable i s’ha comptabilitzat 44 espècies, que suposa gairebé un 75% del total dels mamífers de tot Catalunya.
La Vaca de l’Albera és una raça autòctona, endèmica de la zona i es caracteritza per ser semisalvatge.